武汉疫情牵动着全国人民的心，第三附属医院在338名主动报名的医护人员中，选派17位医护人员奔赴疫区，深入疫区中心区域，在距离华南海鲜市场只有六七公里的汉口医院救治患者。未能亲赴湖北的医务人员，也积极通过其他方式为控制疫情出力。
作为广东省第一批互联网医院，南医三院2019年12月25日正式上线对社会提供复诊咨询，以及药学门诊、护理门诊和健康管理指导等服务。2020年1月26日，针对日益严峻的疫情防控局面，医院紧急召集呼吸科、感染科、重症医学科、急诊医学部副高以上职称专家，上线开通新型冠状肺炎免费咨询。专项咨询模块开通后，面对每天2000多条的咨询，医院又紧急发动已接受新型冠状肺炎诊疗知识培训的发热门诊值班医师，组成近50人的医疗队，值班制上线解答咨询，保证及时、高质量给到咨询者指导和帮助，其中回复多例湖北武汉、黄冈等地区的咨询。除了病情处理的指导，医生们还贴心地宣教在日常生活中如何做好防护。湖北地区患者心理压力大，群众担心自己感染新冠肺炎，医院专门开设新型冠状肺炎心理健康免费咨询，特别为湖北患者提供心理支持。
目前，互联网医院诊疗服务已受到患者的广泛好评。面对即将出现的第二波疫情高峰，医院正在加班加点优化咨询模块，将筛选湖北地区咨询优先答复。同时进一步增加医疗队员，做好应对更多咨询的准备。
